Localizado no litoral sul do Estado de São Paulo, o Parque Estadual da Ilha do Cardoso faz parte do complexo estuarino-lagunar de Iguape, Cananéia e Paranaguá, área que se estende da Estação Ecológica Juréia Itatins, em Peruíbe, até a cidade de Paranaguá, no estado do Paraná.
Esta região, que abrange 200 km de litoral, detém boa parte do que restou da Mata Atlântica após décadas de destruição, num estuário considerado como um dos maiores criadouros de espécies marinhas do Atlântico Sul.
Abrange um conjunto de lagunas, braços de mar, estuários, barras, restingas, manguezais, ilhas e morros isolados.